Да, различия есть.
Все грузы и транспортные средства, вывозимые из Калининградской области на остальную часть территории России, оформляются в таможенных органах как товары, вывозимые из ОЭЗ и пересекающие таможенную границу Российской Федерации, с применением соответствующих таможенных процедур и ограничений.
Подробнее об основных необходимых документах в разделе Паромная линия — Необходимые документы.